房产证遗失补证登记程序为：
1、房屋产权人持本人有效身份证件到房屋档案馆填写补证申请及保证书。
2、复印档案中的房屋图纸文件，档案馆开具“房屋权属查询证明”。
3、在报纸上刊登遗失声明。
4、到房管局申请办理补证。
5、房改房在市局申请，房改房以外的其他房屋在房屋所在地的区局申请，等待出证。
【法律依据】
《不动产登记暂行条例》第二十一条，登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。