分居协议书法律效力的认定为订立协议的主体合法，不违反国家强制性规定和侵害集体、他人的利益，并是双方真实意思表示，内容合法、意思表示真实的，该分居协议书有效。否则，协议无效。

法律依据:

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条

具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。