保密协议的违约金是由用人单位与劳动者双方约定的，一般约定的违约金不超过实际造成的百分之三十。
保密义务一般是基于法律的直接规定或劳动合同的随附义务，不管用人单位与劳动者是否签订保密协议，劳动者均有保守企业商业秘密的义务。劳动者履行了保密义务用人单位是否需要支付保密费用，可由双方自由约定，没有约定的用人单位一般无需支付。只要用人单位的商业秘密还有保密的必要，劳动者的保密义务就一直存在。
保密协议无效的情形包括：
1. 保密协议违反法律法规的强制性规定
2. 保密协议违背公序良俗；
3. 用人单位未按照约定在劳动合同解除后向劳动者支付竞业限制经济补偿的，竞业限制条款失效，即保密协议无效。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
《中华人民共和国劳动法》第二十二条
劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。
《中华人民共和国劳动法》第一百零二条
劳动者违反本法规定的条件解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任。
