1、分居三年男方不同意离婚的，女方可以直接向人民法院提起离婚诉讼，如果是因感情不和分居三年的，人民法院调解无效的，一般会判决准予离婚。如果人民法院认定夫妻双方感情尚未破裂，是不会作出离婚判决的。
2、根据《民法典》第一千零七十九条前三款和第五款规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零七十八条 夫妻双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。
