信用卡恶意透支5万元，可能会判刑。但如果欠款人及时还款，可以免予处罚。
恶意透支5万元的，已经达到了信用卡诈骗罪的立案标准。如果行为人被检察机关以该罪名提起公诉，可能会被人民法院判处以五年以下有期徒刑或者拘役。但是在提起公诉前全部归还，或者具有其他情节轻微情形的，可以不起诉。
【法律依据】
《最高人民法院、最高人民检察院关于办理妨害信用卡管理刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第六条 持卡人以非法占有为目的，超过规定限额或者规定期限透支，并且经发卡银行两次催收后超过3个月仍不归还的，应当认定为刑法第一百九十六条规定的“恶意透支”。
