当工资实际为5000元但合同中仅标注为2000元时，可以采取以下处理方法：
1、与雇主进行协商，要求更正合同中的薪资条款以反映实际工资数额。
2、如果协商无果，可以向劳动仲裁委员会提起仲裁申请，以寻求公正的解决方案。
以下情形可以申请劳动仲裁：
1、因劳动关系确认问题产生的争议。
2、与劳动合同的签订、履行、变更、解除和终止相关的争议。
3、涉及员工除名、辞退、辞职和离职的争议。
4、关于工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训及劳动保护等方面的争议。
5、因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等产生的争议。
6、法律法规规定的其他劳动争议。
劳动合同应包含以下内容：
(1)合同期限：即劳动合同的有效时间范围。
(2)工作内容：指劳动者所从事的具体工作和任务。
(3)劳动条件：包括用人单位为劳动者提供的劳动保护和其他必要的工作条件。
(4)劳动报酬：即劳动者因提供劳动而获得的薪资。
(5)劳动纪律：劳动者在工作过程中应遵守的规则和秩序。
(6)合同终止条件：包括法定和约定的合同终止条件。
(7)违约责任：违反劳动合同约定所需承担的责任。
劳动仲裁的基本流程如下：
1、提交申请书：当事人应提交书面仲裁申请书，并根据被申请人数量准备相应的副本。
2、仲裁受理：仲裁委员会在收到申请后五日内决定是否受理，并通知当事人。
3、开庭审理：仲裁庭在开庭前通知双方当事人，进行开庭审理。
4、仲裁调解：仲裁庭首先尝试通过调解解决争议，如调解成功则制作调解书；如调解不成，则及时作出裁决。
5、仲裁裁决：仲裁庭在受理仲裁申请后四十五日内作出裁决，如有需要可延长。当事人对裁决不服的，可在收到裁决书后十五日内向人民法院起诉。否则，裁决书即具有法律效力。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动合同法》第十条，建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。
已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。
用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
